Package org.jmol.minimize

Class MinAtom

  • public class MinAtom
extends java.lang.Object

    • Field Detail

      • index

        int index

      • sType

        public java.lang.String sType

      • atom

        public Atom atom

      • ffAtomType

        public AtomType ffAtomType

      • ffType

        public int ffType

      • vdwKey

        public java.lang.Integer vdwKey

      • coord

        public double[] coord

      • force

        public double[] force

      • bonds

        private javajs.util.Lst<MinBond> bonds

      • nBonds

        public int nBonds

      • hCount

        public int hCount

      • partialCharge

        public double partialCharge

      • bsVdw

        public BS bsVdw

      • bs14

        public BS bs14

      • bondedAtoms

        int[] bondedAtoms

    • Constructor Detail

      • MinAtom

        MinAtom​(int index,
        Atom atom,
        double[] coord,
        int ac)

    • Method Detail

      • toString

        public java.lang.String toString()
        Overrides:
        toString in class java.lang.Object

      • set

        void set()

      • getBondTo

        public MinBond getBondTo​(int iAtom)

      • getBondedAtomIndexes

        public int[] getBondedAtomIndexes()

      • getIdentity

        public java.lang.String getIdentity()

      • addBond

        public void addBond​(MinBond bond,
                    int i)

      • getBondIndex

        public int getBondIndex​(int j)

      • isLinear

        public static boolean isLinear​(MinAtom minAtom)